В условиях, когда Россия оставалась единственным независимым государством из всех стран, исповедующих православие, возникла идея сооружения близ Москвы точной копии Святой Земли, где совершил свой подвиг Спаситель. Тем самым Москва закрепляла за собой особое положение духовного центра православия и объединяла вокруг себя единоверцев из числа других народов. По одной из версий, патриарх Никон, добившись положения соправителя царя и единовластия в вопросах духовных, намеревался по образу Ватикана создать внутри страны теократическое государство.
Для Русской Палестины был выбран холмистый и заросший лесом большой участок земли у реки Истра. Патриарх ранее основал два монастыря – Иверский на Валдае и Крестный на о. Кий в Белом море. Он и в этом случае взял на себя руководство строительством. Для полного отождествления со Святой Землей были изменены географические названия: река Истра стала Иорданом, холм, на котором заложили Воскресенский собор, – Сионом, соседние холмы – Фавором и Елеоном, близлежащий женский монастырь – Вифанией, деревня – Капернаумом, парк – Гефсиманским садом и т. д.
Все необходимые пропорции были соблюдены благодаря подаренному иерусалимским патриархом Паисием деревянному макету храма Гроба Господня, обмерам, произведенным иеромонахом Арсением Сухановым, дважды посетившим Святую Землю, а также чертежам итальянского архитектора Б. Амико. Прибывший в октябре 1656 года на освящение первого, деревянного, храма царь назвал обитель Новым Иерусалимом.
