Музей был образован на территории Ново-Иерусалимского монастыря в 1920-х, а после возрождения в обители монашеской жизни некоторое время делил помещения с братией. Неоднократно менявший название, музейно-выставочный комплекс «Новый Иерусалим» в 2013 году переехал в новое здание на противоположном берегу реки Истры.
Несмотря на потерю значительной части экспонатов в годы войны, музей сохранил около 180 000 единиц хранения – археологические и этнографические материалы, рукописи, коллекции монет, оружия, живописи. Часть музейного собрания связана с жизнью и деятельностью патриарха Никона и созданием Ново-Иерусалимского монастыря. В число постоянных экспозиций входят выставки русского искусства, как светского, так и церковного.
В состав комплекса входит Музей деревянного зодчества, где представлены мельница, изба крестьян Кокориных и небольшая рубленая часовня.
В отдельно расположенном Выставочном зале проводятся не только тематические выставки, но и музыкальные фестивали и концерты. Работают магазины сувениров и печатной продукции.